Stefan Kiessling dejó al Núremberg al final de la temporada 2005-06. En su año de despedida marcó 10 tantos, los cuales lo convirtieron en el segundo mejor goleador del plantel, y ayudó al equipo a mantenerse en la Bundesliga, al terminar en el octavo lugar.
Su desempeño le valió ser contratado por el Bayer Leverkusen, que cuatro años antes había sido subcampeón de la Champions League y se encontraba en plena reestructuración.
El delantero no tuvo un buen debut con su nuevo club. Su primer tanto lo marcó hasta la fecha 12 y la campaña la concluyó con sólo ocho en 44 juegos en los que participó como titular. A pesar de ello, el 28 de marzo de 2007 debutó con la Selección alemana ante Dinamarca, e incluso fue convocado para el Mundial de Sudáfrica 2010, en el que sólo disputó dos encuentros, el último por el tercer lugar, el cual ganaron por 3-2 a Uruguay.
En su primer año futbolístico con el club del oeste de Alemania comenzó la primera de una seguidilla de lesiones que le han acompañado desde entonces. En la jornada 5 de la Bundesliga tuvo que salir de cambio por molestias musculares en el muslo derecho, la cual lo dejó dos semanas fuera de la cancha.
Para su segunda temporada se consolidó con el equipo al registrar 16 anotaciones, siete de ellas en la Copa de la UEFA, en la que el equipo avanzó a cuartos de final. Kiessling se convirtió en el máximo goleador del certamen y se mantuvo a salvo de lesiones.
A partir de la campaña 2008-09 y hasta la 2014-15, el atacante registró por lo menos 14 goles por año futbolístico. Pero se perdió, en ese lapso, 23 partidos como consecuencia de una ruptura de ligamentos en la pierna derecha y dos lesiones provocadas por molestias musculares en esa misma extremidad. Pese a sus ausencias, el club renovó su contrato hasta 2018.
En la temporada pasada también se vio afectada su cuota goleadora. Marcó ocho tantos, su cifra más baja en el Bayer Leverkusen y la segunda peor desde que se convirtió en profesional. Al finalizar sufrió una lesión de cadera que hizo que se perdiera los primeros tres juegos de la presente temporada de la Bundesliga y el primero de la Liga de Campeones de Europa.
"Si no mejoro de mis lesiones, podría retirarme. No es bueno que juegue cuatro partidos y que luego tenga que parar para recuperarme. Quiero terminar esta campaña para pensar lo que haré en el futuro", dijo en agosto del año pasado.
La temporada 2016-17 ha sido de claroscuros para Kiessling. Es el jugador más longevo de la plantilla, el segundo mejor goleador de la historia del equipo (128) y el segundo jugador que más partidos disputados tiene con el club (326) en el torneo local. Sin embargo, apenas registra un gol en 14 partidos y perdió la titularidad en la formación inicial de Roger Schmidt. No juega un partido completo desde el 11 de diciembre de 2016 y en los últimos dos encuentros de Bundesliga ni siquiera estuvo convocado.
Hoy, el Bayer Leverkusen enfrentará el juego de ida de los octavos de final de la Champions League ante el Atlético de Madrid –equipo que hace dos años lo eliminó en esta misma ronda, en tanda de penales, en la que Stefan Kiessling fue uno de los que falló su cobro- y buscará avanzar por primera vez a cuartos de final desde la temporada 2001-02, cuando perdió el titulo ante el Real Madrid.